Bis zum Ende des 19. Jahrhunderts umfasste der Lehrplan der Pharmazie Kurse in den Bereichen Zoologie, Botanik, Chemie, Physik, Mineralogie und Pharmakognosie. Im Jahr 1855 wurde ein Laboratorium für Pharmaziestudenten eröffnet, um den Schwerpunkt der Ausbildung von theoretischen Vorlesungen auf praktische Übungen zu verlagern. Von 1858 bis 1861 unterrichtete Johann Gottlieb die Studenten in Pharmazeutischer Chemie. Im Jahr 1878 wurde unter der Leitung von Leopold von Pebal, einem Schüler Bunsens, ein neues Chemisches Institut errichtet. Pebal sorgte auch für eine moderne Ausstattung der Laboratorien. Seine Nachfolger waren Zdenko Hans Skraup (1887-1906) und Roland Scholl (1907-1914). In der Ära von Anton Skrabal (1917-1943) wurde das Institut für Chemie in drei Institute aufgeteilt. Eines davon war das Institut für Organische und Pharmazeutische Chemie. Vorsitzender des Instituts für Organische und Pharmazeutische Chemie war Alois Zinke (1943-1963), gefolgt von Erich Ziegler (1963-1978). Im Jahr 1964 wurde die Pharmazeutische Chemie ein eigenständiges Institut mit Gustav Zigeuner als Leiter (1964-1990), gefolgt von Werner Korsatko (1991-1995) und Ernst Haslinger (1995-2004).

Im 18. Jahrhundert schuf Kaiserin Maria Theresia ein neues staatliches Ausbildungssystem. Die Apotheker wurden nicht mehr nur innerhalb der Zünfte ausgebildet, sondern mussten neu eingerichtete Kurse an den medizinischen Fakultäten der Universitäten besuchen. Sie schlossen mit dem Titel Magister pharmaciae (Magister der Pharmazie) ab.

Franz Hruschauer, ein Schüler Liebigs, war der erste Vorsitzende des neu eingerichteten Instituts für Chemie (1850-1858) an der Alten Universität Graz. Unter seiner Leitung wurde 1853 der erste Pharmaziekurs durchgeführt. Die Pharmazieausbildung erfolgte in enger Zusammenarbeit mit dem Joanneum, das 1811 von Erzherzog Johann gegründet worden war. Das Joanneum war eine Lehranstalt und ein Museum, das große naturwissenschaftliche Sammlungen beherbergte, die für die Lehre an der Universität genutzt wurden.