Im 18. Jahrhundert schuf Kaiserin Maria Theresia ein neues staatliches Ausbildungssystem. Die Apotheker wurden nicht mehr nur innerhalb der Zünfte ausgebildet, sondern mussten neu eingerichtete Kurse an den medizinischen Fakultäten der Universitäten besuchen. Sie schlossen mit dem Titel Magister pharmaciae (Magister der Pharmazie) ab.

Franz Hruschauer, ein Schüler Liebigs, war der erste Vorsitzende des neu eingerichteten Instituts für Chemie (1850-1858) an der Alten Universität Graz. Unter seiner Leitung wurde 1853 der erste Pharmaziekurs durchgeführt. Die Pharmazieausbildung erfolgte in enger Zusammenarbeit mit dem Joanneum, das 1811 von Erzherzog Johann gegründet worden war. Das Joanneum war eine Lehranstalt und ein Museum, das große naturwissenschaftliche Sammlungen beherbergte, die für die Lehre an der Universität genutzt wurden.

Bis zum Ende des 19. Jahrhunderts umfasste der Lehrplan der Pharmazie Kurse in den Bereichen Zoologie, Botanik, Chemie, Physik, Mineralogie und Pharmakognosie. Im Jahr 1855 wurde ein Laboratorium für Pharmaziestudenten eröffnet, um den Schwerpunkt der Ausbildung von theoretischen Vorlesungen auf praktische Übungen zu verlagern. Von 1858 bis 1861 unterrichtete Johann Gottlieb die Studenten in Pharmazeutischer Chemie. Im Jahr 1878 wurde unter der Leitung von Leopold von Pebal, einem Schüler Bunsens, ein neues Chemisches Institut errichtet. Pebal sorgte auch für eine moderne Ausstattung der Laboratorien. Seine Nachfolger waren Zdenko Hans Skraup (1887-1906) und Roland Scholl (1907-1914). In der Ära von Anton Skrabal (1917-1943) wurde das Institut für Chemie in drei Institute aufgeteilt. Eines davon war das Institut für Organische und Pharmazeutische Chemie. Vorsitzender des Instituts für Organische und Pharmazeutische Chemie war Alois Zinke (1943-1963), gefolgt von Erich Ziegler (1963-1978). Im Jahr 1964 wurde die Pharmazeutische Chemie ein eigenständiges Institut mit Gustav Zigeuner als Leiter (1964-1990), gefolgt von Werner Korsatko (1991-1995) und Ernst Haslinger (1995-2004).

1919 gründete Otto Loewi mit Unterstützung der Steirischen Landesregierung den ersten Kurs für Pharmazeutische Technologie an der Medizinischen Fakultät.
Fritz Wischos, Leiter der Krankenhausapotheke, unterrichtete diesen Kurs von 1921 bis 1932, gefolgt von Ludwig Zechner von 1933 bis 1938 und Norbert Schniderschitsch ab 1938. Während seiner Zeit wurde die Ausbildung in pharmazeutischer Technologie von der Krankenhausapotheke an die Universität verlagert indem man ein Institut für Angewandte Pharmazie innerhalb im Institut für Pharmazeutische Chemie integrierte. Zwischen 1959 und 1969 war L. Zechner erneut Vorsitzender des Instituts für Galenik. Christian Knopp (1969-1989), Werner Korsatko (1989-2000) und Ernst Haslinger (2000-2004) leiteten das Institut für Pharmazeutische Technologie welches von 1995 bis 2001 ein eigenständiges Institut war.
1973 wurde das Institut für Pharmakodynamik und Toxikologie aus dem Institut für Experimentelle und Klinische Pharmakologie der Medizinischen Fakultät gegründet. 1973 bis 1997 leitete Walter Kukovetz dieses neue Institut für Pharmakodynamik und Toxikologie, welches in das Institut für Pharmakologie und Toxikologie umbenannt und als Teil der Fakultät für Naturwissenschaften in der Zeit von 1998 bis 2004 von Bernd-Michael Mayer geleitet wurde.

Im April 2004 wurde das heutige Institut für Pharmazeutische Wissenschaften gegründet. Verwaltung, Forschung und Lehre wurden gebündelt und Rudolf Bauer wurde zum Leiter dieses Instituts ernannt. Das Institut, welches seitdem eines der größten Institute der Uni Graz ist, wurde in vier Abteilungen gegliedert: Pharmakognosie, Pharmakologie und Toxikologie, Pharmazeutische Chemie und Pharmazeutische Technologie.

Ab dem Jahr 2022 übernahm Andreas Zimmer die Leitung des Instituts Pharmazeutische Wissenschaft.